ფინანსთა სამინისტროს საგამოძიებო სამსახურის ინფორმაციით, მას უკანონო შემოსავლების ლეგალიზაციასა და სამეწარმეო საქმიანობაში უკანონო მონაწილეობაში ედება ბრალი.

გამოძიების ინფორმაციით, ცეზარ ჩოჩელი გუბერნატორობისას უკანონოდ მონაწილეობდა შპს "ნიუ ენერჯის" საქმიანობაში.

ცეზარ ჩოჩელი "მფარველობას უწევდა აღნიშნულ შპს-ს და ხელს უწყობდა სახელმწიფო ბიუჯეტიდან დაფინანსებული პროექტების შესრულებასთან დაკავშირებული კონტრაქტების გაფორმებაში. აღნიშნული საქმიანობის სანაცვლოდ იგი უკანონოდ იღებდა დიდი ოდენობით შემოსავლებს და ფულის გათეთრების გზით აძლევდა კანონიერ სახეს. 2010 წლის ზაფხულში ცეზარ ჩოჩელის მოთხოვნის საფუძველზე შპს "ნიუ ენერჯიმ" ჩოგბურთის და კალათბურთის მოედნების მოსაწყობად თურქეთიდან ჩამოიტანა 61 845 ლარის ღირებულების საჭირო ინვენტარი და თბილისში, კერძოდ, სოფელ დიღომში ცეზარ ჩოჩელის მეღლის, სვეტლანა ჩოჩელის საცხოვრებელი სახლის ეზოში დაამონტაჟა. გამოძიება მიმდინარეობს სისხლის სამართლის კოდექსის 337 და 194 მუხლის მესამე ნაწილით, რაც 9-დან 12 წლამდე თავისუფლების აღკვეთას ითვალისწინებს", - აცხადებენ ფინანსთა სამინისტროს საგამოძიებო სამსახურში.

2003 წლის 2 ნოემბერს იგი აირჩიეს საქართველოს პარლამენტის წევრად ახალგორის მაჟორიტარულ საარჩევნო ოლქში. 2008 წლის თებერვლიდან მცხეთა-მთიანეთის მხარეში სახელმწიფო რწმუნებულადად - გუბერნატორად დაინიშნა. ცეზარ ჩოჩელი თანამდებობიდან 2012 წლის 24 ნოემბერს გადადგა.