ალექსანდრ ლიტვინენკოს პუტინთან კონფლიქტი ჰქონდა. ამის შესახებ ლონდონში მოკლული ფსბ-ს ყოფილი აგენტის მეუღლემ მარინა ლიტვინენკომ განაცხადა. მისივე თქმით, რუსეთის პრეზიდენტმა ლიტვინენკო მას შემდეგ აითვალწუნა, რაც ყოფილმა აგენტმა და მისმა რამდენიმე მეგობარმა ფსბ-ში არსებული კორუფციული სქემის გამოაშკარავება მოინდომეს. ლიტვინენკო პუტინს სანკტ-პეტერბურგის ბანდიტური ფორმირებების მფარველობაში ადანაშაულებდა, რის გამოც ელცინის შემდეგ ხელისუფლებაში მოსულმა პუტინმა მისი დევნა დაიწყო. ალექსანდრ ლიტვინენკო ლონდონში 2006 წელს რადიოაქტიური ნივთიერება "პოლინიუმით" მოწამლეს.
