კირიონ II-მ ცხოვრების მძიმე გზა გაიარა. 1896 წელს ცოლ-შვილი დაეღუპა და ამის შემდეგ ბერად აღიკვეცა ქვათახევის მონასტერში. 1898 წელს მოღვაწეობა დაიწყო ალავერდის ეკლესიაში, რომელიც საკუთარი სახსრებით აღადგინა. 1901 წელს ის გორის ეპისკოპოსი გახდა. ამ რაიონში მისი თაოსნობით გაიხსნა სკოლები და ბიბლიოთეკები.

კირიონ II აქტიურად იბრძოდა ქართული ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენისთვის, რის გამოს იდევნებოდა რუსი ჩინოვნიკების მხრიდან. 1902 წელს იგი დაითხოვეს გორის ეკლესიიდან, აუკრძალეს სამშობლოში მოღვაწეობა და გადაიყვანეს კამენეც-პოდოლსკის ეპარქიაში, შემდაგ პოჟაისკის მონასტრში, ხერსონის ეპარქიაში, ბოლოს პოლოცკისა და ვიტებსკის ეპისკოპოსად.

1917 წლის 12 მარტს, ქართული ეკლესიის ავტოკეფალიის გამოცხადებისთანავე ქართულმა სამღვდელოებამ მოითხოვა კირიონ II-ის დაბრუნება სამშობლოში და იგი კათალიკოს-პატრიარქად აირჩია. კირიონ II მარტყოფის საპატრიარქო რეზიდენციაში 1918 წლის ივლისში ვერაგულად მოკლეს.

კირიონ II, სასულიერო პირთან ერთად, იყო მეცნიერი, რომელიც, ძირითადად, ქართული ეკლესიის ისტორიას იკვლევდა. იგი ქართულ კვალს ეძებდა რუსეთის სხვადასხვა ეკლესიაში. 1906-1907 წლებში მოიძია მრავალი ქართული დოკუმენტი, კერძო პირებისაგან შეისყიდა ქართველი ბატონიშვილების წერილები, გადაწერა მოსკოვის დონის მონასტერში დაკრძალული ქართველების საფლავების ეპიტაფიები. ამ წარწერათა უმეტესობა დღეს აღარ არსებობს, რაც დიდ მნიშვნელობას ანიჭებს შემორჩენილ ჩანაწერებს.

კირიონ II-ის ფონდი არქივში 1923 წელს არის მიღებული. მასში დაცულია 217 საქმე, რომელიც მოიცავს XVI-XIX საუკუნეების მასალას. ფონდშია: ხელნაწერი და ნაბეჭდი შრომები, ისტორიული ნარკვევები, პატრიარქის მიერ შეკრებილი მასალაქართულ, პოლონურ, ლიტვურ, რუსულ ენებზე.

ეკლესია კირიონ მეორის ხსენების დღეს 10 ივლისს აღნიშნავს.