საჯარო რეესტრის ეროვნული სააგენტო საერთაშორისო სტანდარტის მიხედვით ინფორმაციული უსაფრთხოების მართვის სისტემა - ISO 27001-ს ნერგავს. უსაფრთხოების სისტემის ერთ-ერთი მნიშვნელოვანი ამოცანა სააგენტოს მიერ დამუშავებული ინფორმაციის არასათანადოდ გამოყენების რისკების შემცირება და ასევე პერსონალური მონაცემების დაცვის შესახებ კანონის მოთხოვნების დაკმაყოფილებაა.
უსაფრთხოების სისტემის დანერგვის ფარგლებში, სააგენტომ ვებ-გვერდზე განთავსებულ ელექტრონულ პროგრამებში ე.წ. "დამცავი კოდის" გამოყენება დაიწყო, რაც ინფორმაციის არასათანადოდ გამოყენების რისკებს მინიმუმამდე ამცირებს. კერძოდ, პრაქტიკულად გამორიცხული ხდება რობოტი პროგრამის მიერ დიდი რაოდენობით მოთხოვნების ავტომატური დაგენერირება, სისტემის გადატვირთვა და ლეგიტიმური მომხმარებლისთვის ინფორმაციის მიღებაში ხელის შეშლა. ასევე, რთულდება მოქალაქის მიერ წარდგენილ განცხადებაში დაცული პერსონალური მონაცემების -პირადი ნომერი, ტელეფონის ნომერი, ელექტრონული ფოსტა ავტომატური შეგროვება, რაც თავისთავად ამცირებს არასანქცირებული გაყიდვის, თაღლითური სქემების შემუშავების მოქალაქეებისთვის სპამ მოკლე ტექსტური შეტყობინებებისა და ელექტრონული წერილების გაგზავნის შესაძლებლობას.
საჯარო რეესტრის ეროვნული სააგენტო ერთ-ერთი პირველი სახელმწიფო უწყებაა, რომელმაც ინფორმაციული უსაფრთხოების მართვის სისტემა ISO 27001 -ის დანერგვა დაიწყო.