მცხეთის მცირე ჯვრის უძველესი ტაძრის (VI საუკუნე) აღდგენის მეთოდოლოგია წლების განმავლობაში ძეგლთა დაცვის სფეროს ერთ-ერთ ურთულეს პრობლემას წარმოადგენდა. სწორედ დაცვითი მეთოდების არარსებობის გამო, ძეგლის აღდგენის საკითხი ვერ გადაწყდა და ამ ხნის განმავლობაში მცხეთის ჯვრის მდგომარეობა კიდევ უფრო დამძიმდა.

მცხეთის მცირე ჯვრის გადარჩენის საკითხზე იუნესკოში აქტიური კონსულტაციები მიმდინარეობდა და წელს უკვე კულტურული მემკვიდრეობის დაცვის ეროვნული სააგენტოს გადაწყვეტილებით, ტაძარზე მინიმალური ჩარევებით განხორციელდა კონსერვაცია, რომელიც საერთაშორისო კრიტერიუმებს მთლიანად აკმაყოფილებს.

ჯვრის მცირე ეკლესია (8,3X5,5 მ) დიდი ტაძრის ჩრდილოეთით მდებარეობს. გარედან იგი ორფერდა სახურავიანი მარტივი სწორკუთხა ნაგებობაა, შიგნით ჯვრისებრი მოხაზულობა აქვს (1 აფსიდითა და 3 სწორკუთხა მკლავით). შუაში კვადრატია, რომელსაც გუმბათისებრი გადახურვა ჰქონია (მხოლოდ ყელის გარეშე). ნაშენია კარგად გათლილი, მომწვანო ფერის ქვიშაქვის დიდი კვადრებით. წყობის ჰორიზონტალური ნაკერების სწორხაზოვნება ფასადებზე და ინტერიერში მკაცრადაა დაცული. ტაძრის სამხრეთით და ჩრდილოეთით განლაგებულია კარიბჭეები. სამხრეთის კარიბჭე დიდსა და მცირე ტაძარს აერთებს. ტაძრის ჩრდილო დასავლეთით თაღოვანი ნიშია, რომელშიც გამოსახულია განედლებული ჯვარი, ვარაუდობენ რომ ამ ნიშში კათალიკოსის ტახტი იდგა.

ტაძრის სახელწოდებას ისტორიული საფუძველი აქვს. IV საუკუნის 30-იან წლებში ქრისტიანობის მიღების პირველივე წლებიდან ამ ადგილას მეფე მირიან III-მ ხის ჯვარი აღამართინა, რომელსაც, მოგვიანებით გარდა ქართველებისა თაყვანს სცემდნენ მთელი კავკასიის ქრიატიანებიც. VI საუკუნის II ნახევარში (545-586) ქართლის ერისმთავარმა გურამმა ჩრდილოეთით პატარა ეკლესია ააშენა. იმავე - VI საუკუნის მიწურულსა და VII საუკუნის დასაწყისში (586-567-604-605წწ) გუარამის ძემ - ერისმთავარმა სტეფანოზმ I -მა ასევე მისი ძმების დემეტრესა და ადარნასეს (604-605-634-635) და ერისმთავართა სახლობის სხვა წევრების თანამონაწილეობით მცირე ტაძრის გვერდით ააგო დიდი ტაძარი, რომელიც ზედ გადაეხურა ხის ჯვარს (ჯვრის კვარცხლბეკი დღემდეა დარჩენილი ეკლესიაში)