სწავლობდა აფხაზეთის #10 საშუალო სკოლაში. დაამთავრა სუბტროპიკული მეურნეობის ქართული ინსტიტუტი, სპეციალობის აგრონომია. ისტიტუტში სწავლოს პერიოდში მუშაობდა მუშად ღვინის ქარხანაში და ინკასატორად სახელმწიფო ბანკში.
1972 წელი - ერთ-ერთი მეურნეობის აგრონომიული განყოფილების გამგე, სავალდებულო სამხედრო სამსახური, რის შემდეგაც აფხაზეთის კომკავშირის საოლქო კომიტეტის ინსტრუქტორი ხდება.
1978 წელს - საქართველოს კომკავშირის ცენტრალური კომიტეტის ინფორმაციის სექტორის გამგე.
1980 წელი - საქართველოს კომკავშირის აფხაზეთის საოლქო კომიტეტის პირველი მდივანი.
1982 წელი - ოჩამჩირის რაიკომის პირველი მდივანი.
1992 წელი - აფხაზეთის მინისტრთა საბჭოს თავმჯდომარის პირველი მოადგილე.
1993 წელი - სეპარატისტული აფხაზეთის მინისტრთა საბჭოს თავმჯდომარის პირველი მოადგილე.
1995 წელი - სეპარატისტული აფხაზეთის პირველი ე.წ. ვიცე-პრემიერი.
1997-1999 წლებში - აფხაზეთის თვითაღიარებული რესპუბლიკის ე.წ. პრემიერ-მინისტრი. გადადგომის შემდეგ 1999-2004 წლებში აფხაზური კომპანიის "ჩერნომორენერგოს" დირექტორი.
2004 წლის 20 ივლისს ორმა ძირითადმა ოპოზიციურმა პარტიამ "ამცაჰარამ" და "გაერთიანებულმა აფხაზეთმა" ბღაფში სერგეი შამბას ნაცვლად, ოქტომბრის საპრეზიდენტო არჩევნებისათვის საერთო კანდიდატად წამოაყენა. არჩევნებში ბაღაფშის მთავარი ოპონენტი რაულ ხაჯიმბა იყო.
აფხაზეთის ე.წ. საარჩევნო კომისიამ თავდაპირველად რაულ ხაჯიმბა ცნო გამარჯვებულად, თუმცა ე.წ. უზენაესმა სასამართლომ მოგვიანებით გამოაცხადა, რომ ბაღაფშმა 50,3 %-ით გაიმარჯვა. სასამართლოს გადაწყვეტილების შეცვლამ მოუწია შენობაში შემოვარდნილი ხაჯიმბას მხარდამჭერთა ზეწოლის ქვეშ.
პარალელურად, საარჩევნო კომისიის შენობის წინ ბაღაფშის მხარდამჭერთა აქცია მიმდინარეობდა, რომლებიც იმუქრებოდნენ, რომ ბაღაფშის ინაუგურაციას მაინც ჩაატარებდნენ 2004 წლის 6 დეკემბერს. შინა არეულობის თავიდან ასაცილებლად ბაღაფში და ხაჯიმბა აღწევენ შეთანხმებას არჩევნების შედეგები გააუქმონ და ახალ არჩევნებში გაერთიანებული მანდატით იყარონ კენჭი.
ახალი არჩევნები 2005 წლის 12 იანვარს ჩატარდა, რომლის შედეგადაც გამარჯვებული ბაღაფშისა და ხაჯიმბას კოალიცია გამოდგა. შეთანხმების თანახმად ბაღაფში კენჭს იყრიდა ე.წ. პრეზიდენტად, ხაჯიმბა კი ვიცე-პრეზიდენტად.
2009 წლის 12 დეკემბერს - სერგეი ბაღაფში აფხაზეთის ე.წ. პრეზიდენტად "მეორე ვადით" აირჩიეს. 12 თებერვალს აფხაზეთის ე.წ. პრეზიდენტის მოვალეობას ოფიციალურად შეუდგა.

ჰყავს ქართველი მეუღლე და ქალ-ვაჟი.