დაცული ტერიტორიების სისტემის დაფუძნების, ფუნქციონირებისა და მართვის სახელმწიფო პოლიტიკას, ქმედებათა კოორდინირებასა და კონტროლს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო განახორცილებს.
გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსების სამინისტროს რეორგანიზაციასთან დაკავშირებით ცვლილება შედის "დაცული ტერიტორიების შესახებ" კანონში.
კანონპროექტის თანახმად, დაცული ტერიტორიების სისტემის დაგეგმვას საქართველოს გარემოს დაცვის სამინისტროსთან შეთანხმებით, ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო და მის დაქვემდებარებაში მყოფი საჯარო სამართლის იურიდიული პირი დაცული ტერიტორიების სააგენტო განახორცილებენ.
საგანგებო შემთხვევაში (დაცული ეკოსისტემების კატასტროფის და შეუქცევადი რღევევა, ფართო აღდგენითი სამუშაოს აუცილებლობა) დაცული ტერიტორიების დროებით და სამუდამოდ გაუქმება, ტერიტორიულ შემცირებას და დაცვითი კატეგორიის დაქვეითებას ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს წარდგინებით, რომელიც შეთანხმებული იქნება გარემოს დაცვის სამინისტროსთან პარლამენტი ახდენს.
მენეჯმენტის გეგმას, რომელიც განსაზღვრავს დაცული ტერიტორიების დაზუსტებულ საზღვრებს, ზონებს, მათ ტერიტორიულ ორგანიზაციას, დამხმარე ზონის (ბუფეურული ზონის) და დაცვის, მეცნიერული კვლევისა და მონიტორინგის, განათლების, რეკრიაციის, ტურიზმის, ადმინისტრაციისა და სხვა საქმიანობის ინტეგრალურ განვითარების პროგრამასა და ბიუჯეტს, შეიმუშავებს და ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს წარუდგენს დაცული ტერიტორიების სააგენტო დაცული ტერიტორიის დაარსებისას და გამონაკლის შემთხვევაში (დაცული ტერიტორიების დაარსების უკიდურესი მიზანშეწონილობის და გარანტირებული საბიუჯეტო სახსრების არარსებობის პირობებში, როდესაც არ არის დონორი ან სხვა არასაბიუჯეტო ორგანიზაციების სახსრების მოზიდვის აუცილებლობა) დაარსებიდან სამი წლის ვადაში.
ამასთან, საკანონმდებლო ინიციატივის თანახმად, ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო თავის კომპეტენციის ფარგლებში უფლებამოსილია განახორციელოს სახელმწიფო კონტროლი დაცული ტერიტორიების საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი რეჟიმის დაცვაზე, გარემოს დაცვისა და ბუნებთსარგებლობის კანონმდებლობის საერთაშორისო ვალდებულებათა მოთხოვნების შესრულებაზე, დაცული ტერიტორიების სისტემის განვითარების სტრატეგიულ ღონისძიებათა შემუშავებასა და მათი განხილვის ორგანიზებაზე, დაცული ტერიტორიებთან დაკავშირებული ნორმატიული და მეთოდური დოკუმენტაციის შემუშავებაზე, შეთანხმებასა და დამტკიცებაზე, დაცულ ტერიტორიებზე საერთაშორისო თანამშრომლობის კოორდინირებაზე, დაცული ტერიტორიების სააგენტოს წარგინებით ტერიტორიული ადმინისტრაციების შექმნაზე, დაცული ტერიტორიების სააგენტოს და ტერიტორიული ადმინისტრაციების დებულების დამტკიცებაზე.
ამასთან, კანონპროექტის თანახმად, დაცული ტერიტორიების სააგენტოს ხელმძღვანელის თავმჯდომარეს თანამდებობაზე ნიშნავს და ათავისუფლებს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრი.
დაცული ტერიტორიების სააგენტო იყენებს სახელმწიფო ბიუჯეტის სახსრებს და მათ მინზობრივად გამოყენებისთვის ანგარიშვალდებულია ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს მიმართ.
