საქართველოს სახელმწიფოსა და საქართველოს სამოციქულო ავტოკეფალურ მართლმადიდებელ ეკლესიას შორის, კონსტიტუციური შეთანხმებით გათვალისწინებული საკითხების განმხილველი სამთავრობო კომისიის შექმნის შესახებ" საქართველოს მთავრობის 2012 წლის 21 თებერვლის №63 დადგენილებაში ცვლილების შეტანის თაობაზე გადაწყვეტილება ,,საკანონმდებლო მაცნეში" უკვე გამოქვეყნდა.
ცვლილების თანახმად, სახელმწიფოსა და საქართველოს ეკლესიას შორის განმხილველ სამთავრობო კომისიას პრემიერ-მინისტრი ბიძინა ივანიშვილი უხელმძღვანელებს.
მთავრობის ახალი დადგენილების მიხედვით, ხუთი ჯგუფის ნაცვლად, რვა ჯგუფი იმუშავებს. ეს ჯგუფებია: ქონებრივი საკითხების განმხილველი და ეკლესიის ეკონომიკური საქმიანობისათვის შესაბამისი სამართლებრივი ბაზის შემქმნელი სამუშაო ჯგუფი; XIX და XX სს-ში ეკლესიისათვის მიყენებული ზარალის დამდგენი სამუშაო ჯგუფი; სახელმწიფო მუზეუმებში დაცული საეკლესიო საგანძურის და ისტორიული მნიშვნელობის ტაძრების მოვლა-პატრონობის რეჟიმის დამდგენი სამუშაო ჯგუფი; კანონით დადგენილი წესით ჯვრისწერის აღიარების განმსაზღვრელი სამუშაო ჯგუფი; სამხედრო-საჯარისო ფორმირებებში, საპატიმროებსა და თავისუფლების აღკვეთის ადგილებში მოძღვრის ინსტიტუტის განმსაზღვრელი სამუშაო ჯგუფი; განათლების სფეროში ურთიერთთანამშრომლობის განმსაზღვრელი სამუშაო ჯგუფი; საზღვარგარეთის ქვეყნებში საქართველოს საპატრიარქოს სამართლებრივი სტატუსის და იქ არსებული ქართული ეკლესია-მონასტრების მოვლა-პატრონობისა და საკუთრების განმსაზღვრელი სამუშაო ჯგუფი; რელიგიური დანიშნულების ნაგებობათა წარმომავლობის დამდგენი სამუშაო ჯგუფი.
მთავრობის დადგენილებით, აღნიშნულ ჯგუფებში შევიდნენ როგორც სასულიერო პირები, ასევე მთავრობის და პარლამენტის წევრები, სამეცნიერო წრეების წარმომადგენლები.